选择春秋季节前往马其顿比较适宜，若选择夏日前往，请注意防暑降温。
马其顿北部山地地区为大陆性气候，南部地区由于临近地中海，偏向于地中海式气候。东部植被较多，冬季寒冷；西部夏季气温较高并且干燥。
马其顿夏季炎热干燥，7、8月间最高气温可达36℃—38℃，中南部若干地区甚至超过40℃，7—8月也是旅游旺季，这时候的节日特别多，如巴尔半民间音乐和舞蹈文化节。冬季潮湿寒冷，1、2月间最低气温约为-8℃，西南部山区可能低至-25℃，这时候适合滑雪等冬季运动。
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