中国与印尼有多条航线相连，包括中国国航、南航、东航、厦航、国泰、港龙、印尼鹰航（Garuda Indonesia）等在内的多家航空公司运营北京、厦门、上海、广州、香港至雅加达、泗水、登巴萨（巴厘岛）的直达航班。
印尼是个群岛国家，主要岛屿之间交通以飞机和轮渡为主。印尼国内主要航空公司包括印尼鹰航（Garuda Indonesia）、亚航（Air Asia）、狮航（Lion Air）等。
雅加达苏加诺－哈达国际机场是东南亚的重要机场，距雅加达市中心约37公里。机场高速路与市区环城高速路相连，塞车严重。除机场大巴外，蓝鸟(Blue Bird）、银鸟(Silver Bird)等大型出租汽车公司在机场设有营业柜台，可以为旅客提供叫车服务，且相对安全。同时机场有联通至雅加达市中心的轻轨。
泗水朱安达国际机场是印尼东部的重要机场，距泗水市中心约25公里。朱安达机场1号航站楼用于除印尼鹰航及亚洲航空以外的国内航班，2号航站楼负责印尼鹰航、亚洲航空国内国际段航班及所有其他航空公司国际航班。1号航站楼可通过机场高速直达。机场内设有蓝鸟（Blue Bird）、朱安达机场出租（Prima Juanda）等公司营业柜台，可提供叫车、包车服务，相对安全。
棉兰瓜拉纳姆国际机场是印尼第二大机场，距棉兰市区39公里。机场内设有蓝鸟（Blue Bird）、快速（Express）等出租车公司运营柜台，可为旅客提供叫车服务，较为安全。由Railink公司运营的机场快轨每日往返于棉兰市中心与瓜拉纳姆机场之间，运行时长约30至45分钟。
登巴萨伍拉莱国际机场是国内外游客抵巴厘岛的重要门户，位于巴厘岛南部旅游区，距离登巴萨市中心13公里。该机场设有国际和国内两个航站楼。上海、广州、深圳、厦门、杭州和港澳台等地均有来往巴厘岛定期直达航班。2020年起，伍拉莱国际机场与网约车公司Grab合作，旅客可在机场国际或国内到达的Grab服务台使用出租车或包车服务。此外机场也提供Minivan专车服务，可将乘客运送至岛上12个主要的旅游区（详见https://bali-airport.com/en/special-transportation/index）。
印尼车辆右舵左行。中国驾照不能在印尼使用，需要申请当地驾照。印尼的陆路交通建设较为落后，2021年底全国通车运营高速公路全长2489公里。目前只有爪哇岛和苏门答腊岛有铁路，雅加达至万隆、三宝垄、泗水等爪哇岛主要城市通火车，可选乘列车中设施较好、安全性较高的“公务舱”（Executive Class）。
2023年10月2日，雅万高铁（雅加达至万隆）正式开始商业运营，线路长142.3公里，最高时速350km/h。
各岛之间有渡轮，但时刻不准，速度慢，条件差，偶有沉船事故发生。中国游客应尽量避免乘坐无安全保障的小型快艇。
在雅加达，除周末和节假日外，平时市区交通拥堵状况严重。现城里设有5条专线公共车道，车况条件较好，收费便宜。市内还有其他公共汽车和小巴运行，但线路较少。如乘坐出租车宜乘坐蓝鸟（Blue Bird）、银鸟（Silver Bird）等正规公司的出租车。
在泗水、棉兰、万隆和巴厘岛等地，出门交通主要靠小公共和出租车。
雅加达：印尼首都，全国政治、经济、文化中心和海陆交通枢纽。位于爪哇岛西北部海岸。面积661.26平方公里，人口约1056万，是东南亚最大城市，也是亚洲南部与大洋洲间的航运中心。500多年前，雅加达称“巽他格拉巴”，意即“椰子”，是输出胡椒和香料的著名海港。1527年，改称“雅加达”，含有胜利和光荣之意。1618年为荷兰殖民军攻占，易名“巴达维亚”。二战期间为日军攻陷。1945年印尼独立后，雅加达恢复原名，并被指定为共和国首都。雅加达金融、文化、科研和管理等机构林立，拥有造船、汽车、食品加工、水泥、轧钢、机械等工业。市区有国家博物馆、缩影公园、民族纪念碑等著名景点。
泗水：东爪哇省首府、印尼第二大城市，以贸易为主的商业城市和港口城市，面积326平方公里，人口301万（2016年）。泗水被视为“英雄城”，1945年11月10日，仅拥有竹子制作的标枪的泗水人民与武器配备先进齐全的同盟军展开了激烈而顽强的斗争，11月10日也被定为“英雄日”。城市正北方是邻近乌戎海军基地的著名港口丹戎佩拉港，该港是印尼东部最为重要的产品和货物集散中心，仅次于雅加达丹绒不禄的爪哇第二大港。泗水附近的布罗莫火山是印尼的主要旅游景点之一。
棉兰：北苏门答腊省首府，印尼第三大城市，面积约265平方公里，人口约244万。作为苏门答腊岛的经济中心，种植业、工商业较为发达。该市东北部的勿老湾是印尼现代化石油装运港，也是印尼棕榈油、橡胶、烟草和剑麻的最大出口港。棉兰的美食在印尼负有盛名，市区有日里苏丹王宫、大清真寺、张亚辉故居等景点，临近景点有印尼著名的旅游胜地多巴湖、马达山及大猩猩保护区等。中国人民熟悉的印尼歌曲《星星索》取材于多巴湖。
万隆：西爪哇省首府，距雅加达150公里，人口170万，面积80多平方公里。巽他族文化中心，流传有该族的文学、舞蹈、音乐和戏剧。地处高谷，风景秀丽，气候宜人，市外群山环抱，火山众多，最著名的景点是市北的覆舟山活火山，山下有Sari Ater 温泉。该市设有50余家高校及研究机构，有著名的万隆工学院、国立巴查查兰大学，并拥有全国唯一的飞机制造厂。著名的亚非会议曾在此举行，会议原址独立大厦现已辟为亚非会议博物馆，市内最繁华的街道为亚非大街。
巴厘岛：爪哇岛以东的一个岛屿，面积5560多平方公里，人口434万，80%以上为巴厘印度教徒。温和多雨，四季常青，花木繁茂。巴厘人生性爱花，处处用花来装饰，因此该岛有“花之岛”之称，并享有“南海乐园”、“神仙岛”的美誉。全岛山脉纵横，地势东高西低，最高的山是阿贡火山，海拔3142米。沙努尔、努沙杜尔和库达等处的海滩是该岛景色最美的海滨浴场，沙细滩阔、海水湛蓝清澈。巴厘岛是印尼文化宝库之一，其舞蹈、音乐、雕刻和绘画闻名遐迩。最具代表性的舞蹈为狮舞和猴舞。乌布（Ubud）文化艺术村以绘画和雕刻艺术闻名。在木雕和绘画中心可以观赏当地的艺术精品，也可以观看当地人现场制作，购买木雕、蜡染、银饰、串珠等工艺品。
日惹：位于爪哇岛中部，日惹特别行政区省会，人口42万。日惹历来是哈孟古扑沃诺苏丹（SULTAN HAMENGKU BUWONO）统治的地区，因日惹第九世苏丹在反荷斗争中的贡献，中央政府给予日惹特别行政区的地位。旅游和教育业发达，有“学生城”的称号。附近有东方四大奇迹之一的婆罗浮屠佛塔。普兰巴南印度神庙及日惹王宫也是值得一游的名胜。
三宝垄：中爪哇省首府，位于爪哇岛北海岸中部。面积373.67平方公里，人口约170万。印尼第三大港口，仅次于雅加达、泗水。爪哇岛是农产品和手工业产品重要集散地，出口大米、苜蓿、蔗糖、橡胶、咖啡、茶叶和烟草等农作物，其中蔗糖出口量最高。工业以制糖业为主。三宝垄地名取自中国明代著名航海家三保太监郑和，当地保存有三宝洞、三宝庙等纪念郑和的寺庙。
巴淡岛：位于印尼廖内群岛省北部，与新加坡隔海相望，相距仅20公里。面积1595平方公里，人口约120万。2016年3月，印尼政府决定除保留其自由港和自由贸易区地位外，将其提升为经济特区，由中央政府直接管辖。巴淡是印尼仅次于巴厘岛的第二大旅游目的地，有“小巴厘岛”之称。
巨港：南苏门答腊省首府，面积369平方公里，人口约168万，是公元七世纪室利佛逝古国的发祥地，苏门答腊岛南部最大港口与贸易中心。出口以原油与油制品、煤炭、橡胶、胡椒、藤条为主。巨港特色美食Pempek是一种类似鱼丸的食物。2018年巨港与印尼首都雅加达成功联合举办第十八届亚运会。
